Druhý díl dějin ČSAV se zabývá obdobím, kdy v jejím čele stál chemik František Šorm. Šedesátá léta jsou spojována s uvolňováním politických poměrů, rozvojem občanské společnosti i se stále větší otevřeností vůči impulzům ze západní společnosti. Změny naplno využívala i ČSAV a pro mnoho oborů byla šedesátá léta zlatou érou rozvoje. Zároveň šlo o období výrazných reforem uvnitř Akademie věd i o dobu hledání nové pozice této nejvýznamnější československé mimouniverzitní vědecké instituce ve společnosti v podmínkách hospodářské krize i zásadních ekonomických reforem. V nelehkém bouřlivém období sklonku šedesátých let ČSAV, její zaměstnanci i vedení celkově obstáli se ctí, i když to znamenalo, že instituce upadla u mocných v nemilost jako jedno z "center kontrarevoluce".