Druhý díl Dějin Univerzity Karlovy mapuje dějiny UK od třicetileté války do počátku 19. století. Jednotlivé kapitoly sledují vývoj univerzity jako instituce (spojení s jezuitskou kolejí), hospodářské problémy univerzity a dějiny všech čtyř fakult. Samostatně je zpracován vznik a vývoj knihovny (Klementinum) a vstup osvícenského myšlení na půdu univerzity za panování císaře Josefa II. Publikace obsahuje bohatý obrazový materiál.